הבעיה העיקרית הקשורה באורך טקסט מגבלת תוחלת היא שזה יכול להוביל להודעות קצוצות או לא שלמות. זה יכול להיות בעייתי במיוחד במקרים בהם הטקסט המוצג חשוב או מכיל מידע חיוני. אם הטקסט ארוך מדי, הוא ייחתך וייתכן שלא יהיה הגיוני בעת קריאתו על ידי המשתמש. בנוסף, אם הטקסט נחתך, ייתכן שהוא לא יעביר את המשמעות המיועדת שלו ועלול להוביל לבלבול או פרשנות שגויה.
הבעיה העיקרית הקשורה לבחירת טופס HTML היא שיכול להיות קשה לוודא שהמשתמש בחר אפשרות מהרשימה. אם משתמש לא יבחר אפשרות, הטופס לא יישלח כהלכה וכל הנתונים המשויכים לשדה זה יאבדו. בנוסף, אם משתמש בוחר באפשרות שגויה, זה עלול להוביל להגשת נתונים שגויים או לעיבוד שגוי.
הבעיה העיקרית הקשורה להעלאת קבצי מסנן HTML היא שניתן לעקוף אותה בקלות. מסנני HTML נועדו לחסום סוגים מסוימים של העלאת קבצים, אך ניתן לעקוף אותם על ידי שינוי סיומת הקובץ או על ידי שימוש בכלי לעריכת כותרת הקובץ. המשמעות היא שעדיין ניתן להעלות קבצים זדוניים, מה שעלול להוביל לפרצות אבטחה ולפריצות נתונים. בנוסף, מסנני HTML אינם מסוגלים לזהות קוד זדוני בתוך קובץ, כך שגם אם קובץ זדוני נחסם להעלאה, הוא עדיין עלול להכיל קוד זדוני שעלול להתבצע בשרת.
הבעיה העיקרית הקשורה להתאמת תמונות רקע של HTML למסך היא שייתכן שהתמונה לא תתאים כראוי. זה יכול להוביל לתמונה מעוותת או מתוחה, שעלולה להסיח את הדעת ולפגוע בעיצוב הכללי של הדף. בנוסף, אם התמונה גדולה מדי עבור המסך, זה עלול לגרום לזמני טעינה איטיים ולביצועים גרועים.
הבעיה העיקרית הקשורה ל-HTML לא שובר שטח היא שיכול להיות קשה לזהות ולהסיר אותו. רווחים לא שוברים הם תווים בלתי נראים המשמשים להוספת רווח נוסף בין מילים או אותיות במשפט. שטח נוסף זה עלול לגרום לבעיות בעיצוב הטקסט, כמו גם להקשות על מנועי החיפוש לאינדקס כראוי של התוכן. בנוסף, רווחים לא נשברים עלולים לגרום לבעיות בעת העתקה והדבקה של טקסט ממסמך אחד למשנהו, מכיוון שהם עשויים שלא להיות מזוהים על ידי תוכנת המסמך המקבל.
הבעיה העיקרית הקשורה להטמעת אודיו ב-HTML היא תאימות הדפדפן. דפדפנים שונים עשויים לתמוך בפורמטים שונים של שמע, ולא כל הדפדפנים תומכים באותם רכיבי קוד אודיו. בנוסף, תגי שמע HTML5 אינם נתמכים בכל הדפדפנים, כך שגרסאות ישנות יותר של Internet Explorer לא יוכלו להפעיל קובצי שמע מוטמעים. יתר על כן, חלק מהמכשירים הניידים עלולים להיתקל בקושי לנגן סוגים מסוימים של קבצי אודיו משובצים עקב מגבלות חומרה או מגבלות תוכנה.
הבעיה העיקרית הקשורה לתבניות HTML היא שעלול להיות קשה להתאים ולעדכן אותן. תבניות HTML נוצרות לעתים קרובות מתוך מחשבה על מטרה מסוימת, כך שייתכן שהן לא מתאימות לכל סוגי האתרים או היישומים. בנוסף, תבניות HTML עשויות להיות קשות לתחזוקה ולעדכון לאורך זמן כאשר טכנולוגיות ומגמות חדשות צצות. יתר על כן, יכול להיות קשה להבטיח שהקוד חוקי ותואם בדפדפנים שונים. לבסוף, אם התבנית אינה מותאמת לאופטימיזציה למנועי חיפוש (SEO), היא עלולה להשפיע לרעה על נראות האתר בדפי תוצאות מנועי החיפוש (SERPs).
הבעיה העיקרית הקשורה לאיך לשים רווח ב-HTML היא שאין דרך ישירה להוסיף רווח בין אלמנטים. הדרך היחידה להוסיף רווח בין אלמנטים היא באמצעות CSS, מה שעלול להיות קשה למי שלא מכיר את השפה. בנוסף, דפדפנים שונים עשויים לפרש את אותו קוד בצורה שונה, מה שמקשה על הבטחת מרווח עקבי בכל הדפדפנים.
הבעיה העיקרית הקשורה לעדכון אוטומטי של שנת זכויות יוצרים ב-HTML היא שיכול להיות קשה לתחזק ולהתעדכן. אם הקוד אינו מתוחזק כראוי, שנת זכויות היוצרים עלולה להיות מיושנת או שגויה. בנוסף, אם האתר מעודכן או עוצב מחדש, ייתכן שיהיה צורך ליישם מחדש כל קוד עדכון אוטומטי כדי שהוא ימשיך לפעול כהלכה.